SGK Hasta işlemleri, faturalamanın çoğunluğunu oluşturur. SGK Genel Sağlık Sigortası Genel Müdürlüğü ile Üniversitemiz arasında 15.06.2007 tarihinde yapılan protokole istinaden, işlemler yürürlükteki Sağlık Uygulama Tebliği (SUT), Ödeme Genelgesi ve Kurumca belirlenen diğer Usul ve Esaslara uygun olarak yürütülür ve Medula Programından Örneklem sistemiyle faturalandırılır.